Dans cet article, nous proposons une approche permettant d’allouer, à chaque culture produite, les quantités d’intrants variables agrégées au niveau des exploitations que l’on peut observer dans les données de panel de comptabilité agricole. Notre approche permet simultanément (i) de contrôler l'hétérogénéité observée et inobservée des exploitations agricoles, (ii) de tenir compte du lien potentiel entre utilisation d’intrants et choix d’assolement des agriculteurs, et (iii) de garantir une certaine vraisemblance des valeurs estimées des utilisations d’intrants par culture. Il s'agit là d’éléments auxquels se confrontent généralement les économistes qui cherchent à estimer des modèles d'allocation d’intrants. Cette approche est basée sur un modèle d'allocation d’intrants dérivé d’identités comptables, où les utilisations d'intrants non observées par culture sont traitées comme des paramètres aléatoires variant dans le temps. Nous estimons notre modèle sur un échantillon de données comptables d'exploitations agricoles françaises, en nous appuyant sur une extension de l'algorithme SAEM (Stochastic Approximiation Expectation Maximization). Nos résultats démontrent de bonnes performances de notre approche pour allouer les intrants aux cultures, en particulier pour les cultures les plus fréquemment produites dans notre échantillon.